Территориальная инспекция ФНС и центральный аппарат имеют разные задачи и полномочия. 15

Территориальные инспекции — это первичное звено налоговой службы, которое непосредственно работает с налогоплательщиками. 2 Они исчисляют налоги, принимают и проверяют отчётность, взыскивают задолженность. 2 Каждая инспекция обслуживает определённую территорию, то есть за ней закреплён список адресов, которые к ней относятся. 2

Центральный аппарат ФНС, в свою очередь, контролирует деятельность нижестоящих органов, готовит позиции службы по тому или иному вопросу, собирает аналитику и обобщает данные, которые поступают от управлений ФНС по регионам и территориальных налоговых инспекций. 1

Таким образом, основное отличие в том, что территориальные инспекции занимаются взаимодействием с основной массой налогоплательщиков, а центральный аппарат — контролем и управлением налоговой службы на более высоком уровне.