Обработка эквайринговых операций при общей и упрощённой системах налогообложения имеет некоторые отличия. 2

При общей системе налогообложения эквайринговые операции учитываются и в составе доходов, и в составе расходов. 2 При этом выручка отражается в учёте в полном объёме, хотя на счёт продавец получает меньшую сумму — за вычетом банковской комиссии. 1

При упрощённой системе налогообложения (УСН) учёт доходов ведётся кассовым методом, то есть по факту их поступления. 24 При этом в книге учёта доходов и расходов (КУДИР) отражается полная сумма выручки до удержания комиссии банком в день, когда деньги были зачислены на расчётный счёт. 2

При УСН с объектом налогообложения «доходы» продавец учитывает в доходах ту сумму, по которой продал товар или услугу, хотя сам он получает на счёт деньги за вычетом комиссии. 1 При УСН с объектом «доходы минус расходы» комиссию можно включить в расходы и уменьшить налоговую базу на её размер. 1