Межрегиональная инспекция — это территориальный орган Федеральной налоговой службы (ФНС России) в соответствующем федеральном округе, который входит в единую централизованную систему налоговых органов. www.consultant.ru Она находится в непосредственном подчинении ФНС России и ей подконтрольна. www.consultant.ru
Федеральная налоговая служба (ФНС России) — федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий контроль и надзор за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет налогов, сборов и страховых взносов. ru.wikipedia.org Помимо этого, ФНС занимается регистрацией юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, аккредитацией подразделений иностранных юридических лиц (кроме кредитных организаций). ru.wikipedia.org
Таким образом, основное отличие в том, что межрегиональная инспекция — это конкретное территориальное подразделение ФНС в определённом федеральном округе, а Федеральная налоговая служба — это общая система налоговых органов, во главе которой стоит ФНС РФ. {7-host} {10-host}