Финансирование муниципальных и автономных образовательных учреждений имеет некоторые отличия.

Муниципальные образовательные учреждения финансируются за счёт средств региональных и муниципальных бюджетов, а также определённым образом за счёт государственного бюджета. 3 Основу расчёта объёма финансирования составляют утверждённые нормативы, определяемые на одного обучающегося, учащегося, воспитанника различных типов и категорий муниципальных образовательных учреждений. 3

Автономные образовательные учреждения получают средства частично из бюджета, а частично из других источников, не запрещённых федеральным законом. 1 Одним из них является самостоятельная коммерческая деятельность. 1 Финансирование из бюджета осуществляется в форме субсидий на выполнение государственного (муниципального) задания. 1

Таким образом, основное отличие заключается в том, что муниципальные образовательные учреждения финансируются учредителями, с которыми у учреждения заключён соответствующий договор, а автономные учреждения имеют большую финансовую самостоятельность: могут самостоятельно распоряжаться выделенными им средствами, выбирать поставщиков услуг, заключать договоры и управлять своим имуществом. 5