Единоразовый и автоматический зачёт переплаты отличаются способом осуществления. 1

Единоразовый зачёт происходит по заявлению налогоплательщика, в котором он указывает, на какие конкретные налоговые обязательства хочет зачесть переплату. 1 Сделать это можно в любой момент, ограничений по сроку нет. 2

Автоматический зачёт происходит, когда налоговые органы самостоятельно определяют, какие налоговые обязательства можно погасить за счёт переплаты. 1 Это происходит при наступлении срока уплаты налога или взноса, и в этом случае налоговая сама зачтет переплату без заявления. 2

Таким образом, основное отличие в том, что при единоразовом зачёте налогоплательщик определяет, как использовать переплату, а при автоматическом — налоговые органы самостоятельно решают, какие налоговые обязательства погасить за счёт переплаты.