Деятельность автономных учреждений в государственном секторе отличается от деятельности бюджетных учреждений большей степенью экономической свободы. 7 Автономные учреждения вправе привлекать заёмные средства, открывать счета в кредитных организациях, самостоятельно распоряжаться отдельными видами имущества, что невозможно в отношении бюджетных учреждений. 7

Некоторые другие отличия:

• Государственное (муниципальное) задание. 1 Для автономного учреждения оно формируется и утверждается учредителем в соответствии с видами деятельности, отнесёнными его уставом к основной деятельности. 1 Для бюджетного учреждения орган, осуществляющий функции и полномочия учредителя, определяет государственное (муниципальное) задание, от выполнения которого учреждение не вправе отказаться. 6
• Имущество. 15 Автономное учреждение без согласия учредителя не вправе распоряжаться недвижимым имуществом и особо ценным движимым имуществом, закреплёнными за ним учредителем или приобретёнными за счёт средств, выделенных ему учредителем на приобретение этого имущества. 15 Остальным имуществом, в том числе недвижимым, автономное учреждение вправе распоряжаться самостоятельно. 15 Бюджетное учреждение без согласия собственника не вправе распоряжаться особо ценным движимым имуществом, а также недвижимым имуществом. 3
• Закупочная деятельность. 410 Автономные учреждения при осуществлении закупочной деятельности руководствуются преимущественно положениями №223-ФЗ, за исключением ряда случаев. 4 Бюджетные учреждения — это основной вид заказчиков, которые в своей закупочной деятельности обязаны руководствоваться нормами №44-ФЗ. 410 Однако у бюджетных учреждений есть право применять в своей закупочной деятельности положения №223-ФЗ при условии, что закупки осуществляются за внебюджетные средства. 410