Некоторые отличия автономной формы учреждения от казённой и бюджетной:

Казённое учреждение: 15

• Может быть создано не только для оказания услуг и выполнения работ, но и для исполнения государственных (муниципальных) функций. 1
• Финансовое обеспечение осуществляется за счёт бюджета на основании бюджетной сметы. 15
• Доходы от приносящей доход деятельности поступают в бюджет. 1
• Не имеет права предоставлять и получать кредиты (займы), приобретать ценные бумаги. 1

Бюджетное учреждение: 14

• Имеет сходные цели с автономными: оказание услуг, предусмотренных законодательством, в социальных областях (научная и образовательная деятельность, здравоохранение и т. д.). 4
• Для ведения деятельности устанавливаются задания, которые составляет орган-учредитель. 4
• Сверх задания допускается (в том числе за плату) выполнять работы (оказывать услуги). 4
• Имущество, полученное бюджетным учреждением, не принадлежит ему на праве собственности, а находится на праве оперативного управления. 4
• Бюджетное учреждение не может размещать депозиты в банке. 4

Автономное учреждение: 12

• Может быть создано в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах, но только в случаях, установленных федеральными законами. 1
• Без согласия учредителя не вправе распоряжаться недвижимым имуществом и особо ценным имуществом, закреплённым за ним учредителем или приобретённым автономным учреждением за счёт средств, выделенных ему учредителем на эти цели. 12
• Остальным имуществом автономное учреждение вправе распоряжаться самостоятельно. 12
• Доходы автономного учреждения поступают в его самостоятельное распоряжение и используются им для достижения целей, ради которых оно создано. 1
• Автономное учреждение, в отличие от бюджетного, не может выступать государственными или муниципальными заказчиками на размещение заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных или муниципальных нужд. 1