Да, налоговые органы могут отказать в возмещении НДС. 15 Обычно это происходит в результате камеральной проверки налоговой декларации, но иногда уже возмещённый налог восстанавливают после выездной проверки налогоплательщика или его контрагентов. 5

Некоторые причины отказа в возмещении НДС:

• Нарушение порядка оформления бланков и форм. 1 Например, ошибки при заполнении декларации, неверно указанные реквизиты плательщика и контрагентов, внесение изменений в первичные документы после совершения сделки, несоответствие количества и стоимости продукции сведениям в транспортных или платёжных документах. 1
• Отсутствие подтверждения реальности сделки. 1 Например, отражение в декларации сумм НДС может обосновываться фиктивными документами, тогда как реальной отгрузки товара не было. 1
• Отсутствие права на возмещение налога. 1 Например, если компания работает по режиму УСН. 1
• Прямые нарушения НК РФ и иных нормативных актов при заполнении документов. 1
• Отсутствие подтверждения со стороны партнёра по сделке. 1
• Неправильное определение объекта налогообложения. 1

Решение об отказе в возмещении НДС можно оспорить в судебном порядке. 1 Заявление подаётся в арбитраж не позднее 90 дней после утверждения решения в ИФНС. 1