Нет, это не является ошибкой, если в счёте-фактуре в строке «Покупатель» прописаны и филиал, и головная организация. 12
Покупателем товаров (работ, услуг), приобретаемых организацией для своих филиалов и других обособленных подразделений, является головная организация. 1 Поэтому счёт-фактура оформляется на неё, а в строке 6 «Покупатель» указываются её реквизиты. 1