Некоторые угрозы, с которыми сталкивается популяция чёрных крачек:

• Потеря и деградация мест обитания. 3 Урбанизация и развитие прибрежных зон уменьшают количество подходящих мест для гнездования и кормления. 3
• Человеческое вмешательство. 23 Деятельность человека, которая мешает колониям крачек, например использование лодок, развитие береговой линии и рекреационное использование пляжей, может привести к abandonment гнёзд и снижению успеха размножения. 3
• Хищничество. 3 Яйца и птенцы подвергаются риску со стороны животных, птиц и рептилий. 3
• Изменение климата. 13 Такие факторы, как повышение уровня моря, суровая погода, колебания температуры и изменение режима осадков, могут повлиять на доступность пищи и подходящих мест обитания. 3
• Ограничение доступности пищи. 3 Основные источники пищи могут стать скудными из-за перелова или изменений в количестве добычи, что может сказаться на способности птиц к размножению и общем здоровье. 3