Да, удаление «Яндекс Ключ» с одного из устройств возможно без выхода из Яндекс ID. 1 При удалении аккаунта из «Яндекс Ключа» не произойдёт разлогинивание из аккаунта на других устройствах. 1
Чтобы использовать «Яндекс Ключ» для одного аккаунта на нескольких устройствах, можно сделать резервную копию данных «Ключа» (такая опция есть в настройках приложения) и затем восстановить данные из неё на втором устройстве. 15 После этого генерировать пароли для нужного аккаунта можно будет на любом из этих устройств. 1
Если просто удалить из телефона приложение «Яндекс Ключ», двухфакторная аутентификация не отключится, а пользователь потеряет доступ к аккаунту, и его придётся восстанавливать через службу поддержки. 5