Выхухоль обитает в замкнутых пойменных водоёмах (типа стариц) с площадью водного зеркала 0,1–0,5 га и глубиной 1,3–5 м, с участками невысоких, но сухих обрывистых берегов с водной растительностью и близостью пойменного леса. 12

Некоторые места обитания выхухоли:

• В бассейне Днепра (на Европейской части России) — реки Ипуть, Вязьма, Остёр, Сейм, Свапа (Смоленская, Брянская и Курская области). 1
• В бассейне Дона — реки Воронеж, Битюг, Хопёр и их притоки (Воронежская, Тамбовская, Липецкая, Саратовская, Пензенская, Волгоградская области). 1
• В верховьях Волги — реки Которосль (Ярославская область) и Унжа (Костромская область). 1
• Одна из наиболее крупных популяций сохранилась в нижнем течении Клязьмы (Владимирская, Ивановская области), по нижнему течению Мокши и в Цне (Рязанская, Тамбовская области). 1
• Обычна в нижнем течении Оки (Владимирская, Рязанская и Нижегородская области). 1
• В средней части Волги встречается по реке Сура (Пензенская, Ульяновская области) и по реке Алатырь в Мордовии. 1

Также выхухоль акклиматизирована в Западной Сибири (Курганская, Томская и Новосибирская области). 3