Муксун обитает в водоёмах с чистой пресной или чуть солоноватой водой. 34 В открытые воды океанов он не заплывает. 3

Некоторые места обитания муксуна:

• реки Сибири (Обь, Енисей, Лена); 2
• озёра Таймырского полуострова (Глубокое, Таймыр, Лама); 12
• опреснённые участки Северного Ледовитого океана. 2

Также рыба встречается в Карском море, море Лаптевых, Восточно-Сибирском море, в морской стихии она облюбовывает прибрежные зоны. 1

Наибольшие популяции муксуна наблюдаются в реках Томь и Обь, в этих реках и в их бассейнах рыба встречается на протяжении всего года. 3