Зверобой продырявленный часто встречается в следующих сообществах:
- Опушки хвойных лесов. 24 Местами растение образует целые заросли. 2
- Сухие луга. 24
- Лесные солнечные поляны. 24
- Окраины полей. 24 Зверобой продырявленный встречается как сорняк вдоль лесных дорог. 24
- Луговые степи. 5
- Каменистые склоны. 5 В горных районах растение растёт в предгорьях, в нижнем и среднем горном поясе. 5
Зверобой продырявленный распространён в лесной и лесостепной зонах. 5