Использование гуматов может быть вредным для растений в следующих случаях:

• Передозировка. 24 Она может вызвать резкую нехватку микроэлементов, нарушить процесс всасывания корнями микро- и макроэлементов, затормозить развитие корневой системы, вплоть до полного прекращения её роста. 24
• Бесконтрольное использование. 2 Гуматы крепко связывают микроэлементы, такие как железо, кобальт, молибден, цинк, и делают их недоступными для растений. 24
• Применение на щелочных грунтах. 3 Гумат натрия, например, имеет высокую кислотность (до 10 единиц), поэтому его использование на щелочных грунтах противопоказано. 3
• Использование в комплексе с некоторыми другими удобрениями. 13 Гуматы нельзя применять с кальциевой селитрой и фосфорными удобрениями, так как в почве образуются соединения, которые долго не растворяются или не устраняются вовсе. 13

Гуматы следует использовать в строго ограниченных количествах и только в определённых случаях, например, для предпосевной обработки семян, клубнелуковиц, корневой системы рассады, саженцев при пересадке. 2