Плаун булавовидный находится под угрозой исчезновения в некоторых регионах, например:
Также известно, что в известных местах обитания численность растения крайне низкая. 4 Среди факторов, влияющих на сокращение популяции, называют различные виды рубки леса, сложный цикл развития (для роста плауну необходим симбиоз с грибом), глобальное изменение климата и фитоценотической среды. 4