Чернозобая гагара занесена в Красную книгу России, а также в Красные книги многих регионов, среди которых:

• Алтайский край; 3
• Амурская область; 3
• Белгородская область; 3
• Владимирская область; 3
• Вологодская область; 3
• Забайкальский край; 3
• Ивановская область; 3
• Калужская область; 3
• Карачаево-Черкесская Республика; 3
• Кировская область; 13
• Краснодарский край; 3
• Курганская область; 3
• Ленинградская область; 3
• Липецкая область; 3
• Московская область; 23
• Нижегородская область; 3
• Новгородская область; 3
• Новосибирская область; 3
• Омская область; 3
• Оренбургская область; 3
• Пензенская область; 3
• Пермский край; 13
• Псковская область; 3
• Республика Алтай; 3
• Республика Башкортостан; 3
• Республика Коми; 13
• Республика Марий Эл; 3
• Республика Мордовия; 3
• Республика Татарстан; 3
• Республика Хакасия; 3
• Республика Чувашия; 3
• Ростовская область; 3
• Рязанская область; 23
• Саратовская область; 3
• Свердловская область; 13
• Смоленская область; 3
• Тамбовская область; 3
• Тверская область; 23
• Тюменская область; 13
• Удмуртская Республика; 3
• Ульяновская область; 3
• Челябинская область; 34
• Чеченская Республика; 3
• Ярославская область. 23