Некоторые депо, в которых эксплуатируется магистральный грузовой тепловоз 2ТЭ116 в России:
  - Октябрьская дорога: депо Дно (ТЧ-18), Великие Луки (ТЧ-31), Санкт-Петербург-Варшавский (ТЧЭ-14), Кандалакша (ТЧ-5).                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Приволжская дорога: депо Саратов-2 (ТЧЭ-11), М. Горький (ТЧЭ-4), Ершов, Сенная.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Свердловская дорога: локомотивные депо Егоршино, Серов, Войновка, Сургут.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Северо-Кавказская дорога: депо Лихая, Краснодар.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Юго-Восточная дорога: депо Елец-Северный (ТЧЭ-14), Ртищево-Восточное (ТЧЭ-2).                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Западно-Сибирская дорога: депо Карасук.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  
 Кроме того, тепловозы 2ТЭ116 используются на предприятиях, таких как Учалинский ГОК, ФГУП «Крымская железная дорога», Орско-Халиловский металлургический комбинат, ГМК «Норильский никель».                                                                          seltrans.ru                       
 Также тепловозы 2ТЭ116 эксплуатируются в Украине (на Южной, Донецкой, Юго-Западной, Приднепровской и Одесской железных дорогах), в Казахстане, Узбекистане, Латвии и Эстонии.                                                                          seltrans.ru