Некоторые преимущества биомониторинга по сравнению с физико-химическими методами исследования:

• Оценка качества окружающей среды и степени её загрязнения. 3 Биомониторинг позволяет определить комфортность существования в конкретной экосистеме видов и групп организмов, наиболее чувствительных к загрязнению и трансформации естественного состояния природы. 3
• Возможность фиксировать скорость происходящих изменений. 45 Биоиндикаторы реагируют на кратковременные и залповые выбросы токсикантов, которые можно не зарегистрировать при помощи автоматической системы контроля с периодичным отбором проб на анализы. 15
• Суммирование всех биологически важных данных. 15 Биоиндикаторы отражают состояние окружающей среды в целом, включая её загрязнение и другие антропогенные изменения. 45
• Сокращение или исключение применения дорогостоящих и трудоёмких аналитических методов. 25 Методы биомониторинга при правильной организации эффективны с экономической точки зрения и не требуют больших затрат на приобретение аппаратуры. 1
• Помощь в нормировании допустимой нагрузки на экосистемы. 15 Одинаковый состав и объём загрязнений может привести к различным реакциям природных систем в разных географических зонах. 15