Отличия аутэкологии от других разделов экологии заключаются в объекте изучения:

• Аутэкология исследует индивидуальные связи отдельного организма (вида, особи) с окружающей его средой. 2 Она определяет пределы устойчивости и предпочтения вида по отношению к различным экологическим факторам и исследует действие среды на морфологию, физиологию и поведение организма. 4
• Демэкология (популяционная экология) изучает динамику и структуру популяций отдельных видов. 12
• Синэкология (экология сообществ) изучает взаимодействие популяций, сообществ и экосистем с окружающей средой. 12

Таким образом, аутэкология фокусируется на взаимоотношениях отдельных организмов со средой, в то время как демэкология и синэкология изучают взаимоотношения со средой популяций и экосистем в целом. 5