Особенности оперативного управления таможенными процессами включают:

• Нацеленность на конечный результат служебной деятельности. 4 Для реализации общего плана необходимо, чтобы цель стратегического развития таможенной системы была чётко доведена до каждого сотрудника. 3 Исходя из этого выстраивается оперативная деятельность таможенной службы. 3
• Сочетание управленческой деятельности внутри системы с работой с участниками ВЭД. 4
• Осуществление полномочий органа государственного управления. 4
• Допустимость разумного риска в процессе управления. 4
• Динамичность процессов управления в условиях противоборства сотрудников таможенных органов с недобросовестными участниками ВЭД, контрабандистами и их пособниками. 4
• Относительную неопределённость условий, в которых осуществляется управление. 4

Оперативное управление таможенными органами рассчитано на краткосрочную перспективу (например, год) и осуществляется преимущественно за счёт структурно-организационных изменений в системе таможенных органов. 5