Некоторые недостатки мотоцикла ИЖ «Юпитер-4»:

• Сложная схема электропроводки с большим количеством клеммных соединений. 4 Это приводило к отказам оборудования, особенно из-за преклонного возраста мотоцикла. 4
• Слишком мощный мотор. 4 Из-за этого цилиндро-поршневая группа быстро выходила из строя при эксплуатации в сельской местности на низких оборотах с высокой нагрузкой. 4
• Слабый коленчатый вал. 1 Из-за этого возникали проблемы с деталями двигателя. 1
• Проблемы с регулировкой прерывателя зажигания. 3 Для решения проблемы приходилось подпиливать надфилем фасонную часть прерывателя для увеличения глубины регулировки. 3
• Проблемы с установкой поршней. 3 При замене поршней часто путают положение их установки: стрелка на поршне должна быть направлена назад. 3
• Проблемы с цепью. 3 Она могла порваться на ходу, из-за чего заклинивало колесо. 3
• Отсутствие качественных двухтактных масел. 4 Из-за этого возникали проблемы с работой двигателя. 1

Из-за множества нареканий на качество сборки и надёжность ИЖ «Юпитер-4» в 1985 году модель убрали с конвейера. 4