Основные недостатки речного транспорта:

• Сезонность работы. 1 В зимнее время реки покрываются льдом, поэтому часть водных путей на время полностью блокируется, а другая часть снижает свою пропускную способность. 2
• Зависимость от природно-климатических факторов. 2 Кроме низкой температуры, серьёзное влияние на речной транспорт могут оказать шквалистый ветер, туман, дождь, жара и т. п.. 2
• Низкая скорость сообщения. 2 Скорость грузовых речных судов обычно составляет около 10–20 км/ч. 2
• Разобщённость речных бассейнов. 1 Они расположены преимущественно в меридиональном направлении, в то время как основные грузопотоки проходят в широтном. 1
• Использование рек в естественном состоянии. 1 Для этого вида транспорта характерны неравномерность глубин и извилистость пути. 1