Уникальность Джергинского заповедника в Бурятии заключается в нескольких факторах:

• Расположение в труднодоступном районе. 4 Заповедник находится на севере Бурятии, в радиусе 200 км нет населённых пунктов и промышленных центров. 45 Это позволяет сохранить природу в первозданном виде. 2
• Разнообразие ландшафтов. 2 На территории заповедника сосредоточено несколько поясов растительности: высокогорный, горно-лесостепной и горно-таежный. 1
• Богатый животный мир. 1 В заповеднике проживает множество диких животных, например, лисы, медведи, волки, белки. 1 В местных водоёмах водятся налим и хариус. 1
• Наличие редких видов. 2 На территории заповедника произрастает 15 видов растений, занесённых в Красную Книгу России, и 30 видов, занесённых в Красную книгу Республики Бурятии. 2
• Наличие уникальных природных объектов. 13 Среди них — озеро Амут с необычным дном, озеро Малан-Зурхен с островом-призраком, водопад Юргон, Ковылинские Ворота и другие. 13