Природоохранная роль Байкало-Ленского заповедника заключается в сохранении ценнейших природных комплексов в их первозданном, нетронутом цивилизацией, состоянии, включая редкие и исчезающие виды растительного и животного мира. 3

Некоторые задачи заповедника:

• защита находящихся на его территории биоценозов и чистоты берега; 1
• научные исследования и экологический мониторинг; 13
• научно-популярное просвещение граждан в области экологии Байкала; 1
• проведение туристических мероприятий (экскурсий) в познавательных целях; 1
• содействие в подготовке кадров для различной экологической деятельности. 1

Кроме того, заповедник служит огромным резерватом, где сохраняется высокая плотность баргузинского соболя, бурого медведя, выдры, кабарги, изюбря, дикого северного оленя и лося. 4