Природная ценность речных затонов заключается в следующем:

• Рыболовная ценность. 1 В затонах водится та же рыба, что и в основном водоёме. 1 У заросших тростником берегов гоняют мальков окуни, в иле копаются караси и лещи, на мелководье плещется плотва. 1
• Ландшафтное и гидрологическое значение. 23 Например, Вербиловский затон в Липецкой области имеет важное ландшафтное, гидрологическое и ботаническое значение, так как это одно из немногих мест произрастания занесённого в Красную книгу РФ водного ореха чилима. 3
• Сохранение нетронутого естественного вида поймы. 2 На отдельных участках речных затонов, например в заказнике «Затон» в Саратовской области, это удаётся благодаря особенностям пойменного режима. 2

Кроме того, речные затоны могут быть удобны для зимовки или постоянной стоянки судов. 4