В чем заключается отличие вдоль от поперек в контексте древнерусской архитектуры?

Возможно, имелись в виду направления, в которых строили древнерусские сооружения.

Вдоль означало, что что-то возводили по длине, то есть в одном направлении. www.bolshoyvopros.ru Например, в нижнем ярусе древнерусских храмов часто наблюдалось продольное осевое движение: весь объём был вытянут по оси восток — запад. azbyka.ru

Поперёк означало, что что-то строили по ширине, то есть в другом направлении. www.bolshoyvopros.ru Так, в одном из храмов русские плотники поставили клинчатую двускатную кровлю не вдоль, а поперёк храма, в результате чего щипец фасада приходился на северную и южную боковые стороны. voronov-yuri.livejournal.com

Таким образом, отличие заключается в том, что вдоль связано с длиной, а поперёк — с шириной сооружения.