Биотехнология защиты атмосферы заключается в удалении дурно пахнущих запахов в «сухих» или «мокрых» биореакторах. 6 В «мокром» реакторе (биоскруббере) дурно пахнущие газы переносятся из газовой фазы в жидкую, а затем окисляются закреплённой биомассой. 6 В «сухом» биореакторе загрязнённые газы продувают через насадку из биоактивного сорбирующего материала (компост, торф), и сорбированные соединения активно окисляются микробными сообществами, развивающимися на поверхности насадки. 6

Биотехнология охраны земель заключается в использовании микроорганизмов для расщепления органических загрязнителей, таких как нефтепродукты и пестициды. 2 Микроорганизмы преобразуют загрязняющие вещества в безвредные, например углекислый газ и воду. 2 Также с помощью биотехнологии получают микроорганизмы, способные нейтрализовывать тяжёлые металлы в осадках сточных вод. 1

Биотехнология очистки сточных вод основана на способности микроорганизмов использовать содержащиеся в сточных водах различные органические и неорганические соединения в качестве источника питательных веществ. 4 Для этого применяют методы естественной биологической очистки (в биопрудах, на полях фильтрации и орошения) и искусственной биологической очистки (в очистных сооружениях). 4

Биотехнология переработки отходов заключается в деградации определённых видов отходов в специально подобранных условиях (температура, давление, рН среды) при помощи штаммов микроорганизмов. 3 В результате образуется стабилизированный продукт — компост. 7