Уникальность заказника «Сестрорецкое болото» заключается в нескольких факторах:

• Нетронутость человеком. 1 Болото не подвергалось осушению и торфоразработкам, которые широко практиковали в XIX–XX веках. 12 Это позволило сохранить типичные болотные комплексы, которые дают представление о местности, на которой строился Санкт-Петербург. 1
• Разнообразие ландшафтов. 1 На территории заказника представлены практически все типы болот, характерные для восточно-прибалтийского региона. 1 Здесь есть древние дюны, береговые валы и песчаные равнины. 2
• Богатая фауна. 5 В заказнике обитают 5 видов амфибий, 3 вида пресмыкающихся, 162 вида птиц и 19 видов млекопитающих. 5 Среди птиц один вид, скопа, включён в Красную книгу Международного союза охраны природы, а пять видов — европейская чернозобая гагара, евразийский подвид скопы, белоглазый нырок, большой кроншнеп и филин — занесены в Красную книгу Российской Федерации. 5
• Значение для птиц. 15 Болото служит остановкой для перелётных птиц на Беломоро-Балтийском миграционном пути. 1 Мелководья Разлива и впадающих в него рек имеют большое значение как место скоплений водоплавающих и околоводных птиц в период миграций. 5