Уникальность Пустынского заказника в Арзамасском районе Нижегородской области заключается в нескольких факторах:

• Расположение на границе подзон смешанных лесов с дубравами. 4 На небольшой территории собрались почти все типы природных ландшафтов и биоценозов средней полосы Европейской части страны. 2
• Система из восьми карстовых озёр. 13 Они связаны между собой руслом реки и протоками, подобно голубому ожерелью, и протянулись в присережинских лесах на 7 км. 3 Озёра привлекают внимание исключительной живописностью, богатством животного и растительного мира и необычностью своего происхождения. 3
• Богатство флоры. 2 В Пустынских озёрах представлены почти все типичные водные растения средней полосы России. 2 Из произрастающих здесь растений 55 видов являются редкими или представляют интерес по своему географическому распространению. 2
• Разнообразие животного мира. 2 В водоёмах заказника обитают около десяти видов млекопитающих, в том числе и редкие: речной бобр, выдра и выхухоль. 1 Заказник — место обитания нескольких видов летучих мышей. 1 Здесь гнездятся и кормятся птицы-хищники — беркут, орлан-белохвост и скопа. 1
• Наличие представителей всех типов водорослей, кроме бурых. 2 На болотистых участках произрастают представители тундры, например, карликовая берёза, голубика, брусника. 3