Уникальность природных условий архипелага Шантар заключается в следующих факторах:

• Переплетение двух природных зон: на архипелаге гармонично сочетаются тайга и тундра. 2
• Сложный климат: Шантарские острова относятся к районам Крайнего Севера, с ноября по июнь море сковано льдом. 2 За несколько дней, а иногда даже в течение суток, здесь могут смениться все четыре времени года. 2
• Сложная система морских вод: для Шантарского моря характерна сложная система приливно-отливных течений и внезапные штормы. 2 Со стороны Курильской гряды время от времени приходят цунами. 2
• Разнообразие флоры и фауны: на архипелаге обитает множество редких видов растений и животных, занесённых в Красную книгу. 14 Среди растений — реликтовые виды, например триллиум и временнокрыльник камчатские, лилия слабая и чистоустовник азиатский. 2
• Фантастические скальные ландшафты: на архипелаге есть природные арки, гроты, гигантские мысы со странными очертаниями, конусообразные скалы — кекуры. 3
• Наличие залежей редких металлов: на Шантарских островах обнаружены залежи редких металлов. 4

В 2013 году все 15 островов архипелага с прилежащей морской акваторией были объявлены Национальным парком. 4