Уникальность Мордовского заповедника как природного объекта заключается в следующем:

• Расположение на стыке трёх ландшафтных зон — тайги, широколиственных и хвойных лесов. 1 Это обеспечивает разнообразие фауны: на территории заповедника зарегистрировано более 60 видов млекопитающих, 215 — птиц, 32 — рыб, 10 — земноводных, 6 — пресмыкающихся. 34
• Наличие редких растений. 35 Среди них — орхидея, башмачок настоящий, пыльцеголовник красный, гнездоцветка клобучковая. 34
• Наличие уникальных болот. 34 Их возраст исчисляется тысячами лет, в основном болота сконцентрированы в долине рек Пушта и Сатис. 34
• Наличие карстовых провалов. 34 Они заполнены водой, а в центре провала находится плавневый остров, покрытый мощным слоем сфагнового мха. 2
• Наличие жизнеспособной популяции бурого медведя. 1 Это единственная популяция в регионе, все остальные медведи в мордовских лесах — пришлые. 1
• Наличие интродуцированных видов животных. 34 Например, в заповедник завезли бобров, маралов, енотовидную собаку, пятнистого оленя, сибирскую косулю. 34