Уникальность геологических процессов в Новоафонской пещере заключается в том, что пещера формировалась под воздействием подземных вод, которые заполняли всю её внутреннюю поверхность. 1

Некоторые особенности этих процессов:

• Вымывание известняковой породы. 1 Поскольку известняковая порода не является однородной, вымывание проходит по разным направлениям, постоянно меняя маршрут и интенсивность. 1
• Образование новых залов-полостей. 1 Процесс длился много миллионов лет, образуя всё новые и новые залы, провоцируя грандиозные обвалы внутри пещеры, в результате которых менялось её дно и общий облик. 1
• Влияние подземных вод на глубину пещеры. 1 Дно южной части Новоафонской пещеры существенно глубже, чем дно северной её части. 1 Это связано с тем, что именно здесь наиболее бурно и активно проходила разгрузка подземных вод, а значит, и процесс растворения известковой породы проходил куда активнее. 1
• Продолжающиеся карстовые процессы. 24 Вода, проходящая сквозь толщу известняка, обогащается кальцитовой солью. 4 Проникая в пещеру, капелька воды скользит по потолку и стенам и оставляет за собой крошечную долю кальцитов. 4

Новоафонская пещера — живая экосистема, в которой до сих пор происходят процессы роста сталактитов и сталагмитов, вымывание пород, активная жизнедеятельность подземных водоёмов и так далее. 5