Уникальность Дагестанского заповедника заключается в разнообразии его природы, которая объединяет четыре стихии: горы, море, пустыни и леса. 14

Некоторые уникальные особенности заповедника:

• Сарыкумские барханы — крупнейший в Евразии песчаный массив и единственный в России участок чисто песчаной пустыни. 4 Десятки видов цветов, насекомых, змей и птиц, обитающих здесь, не встречаются более нигде в стране. 4
• Самурский лес — единственный в стране массив третичных лиановых лесов. 15 Здесь растут реликтовые деревья, обвитые лианами, и встречаются растения, занесённые в Красную книгу. 1
• Кизлярский залив — биосферный резерват ЮНЕСКО, в котором под охраной находится мир редких птиц. 1 Здесь сосредоточены самые большие в мире гнездовья кудрявого пеликана — одного из символов Дагестанского заповедника. 14
• Тляратинский заказник — раскрывает величие и красоту высокогорий Восточного Кавказа. 14 Здесь обитают все виды копытных Кавказа — благородный олень, кабан, косуля, серна, дагестанский тур, безоаровый козел, а также переднеазиатский леопард. 14