Уникальность Байкальского рифтового озера с точки зрения геологии заключается в следующих фактах:

• Расположение во внутренней части континента. 4 Байкальский рифт находится на большом расстоянии (2 000–2 500 км) от главных фронтов столкновения Тихоокеанской плиты и Индостанского субконтинента с Евразией. 4
• Асимметричное строение. 1 Байкальский рифт состоит из серии полуграбенов с крутыми северо-западными и пологими юго-восточными крыльями. 1
• Высокая сейсмическая активность. 35 Ежегодно в районе Байкала происходит более 2000 землетрясений, глубина эпицентров которых — от 12 до 22 км. 3
• Наличие вулканов и горячих источников. 5 Они приурочены к системе глубинных разломов и присутствуют как на дне озера, так и на земной поверхности. 5
• Возможность формирования большого количества углеводородов. 1 На дне Байкала есть нефте- и газопроявления, а также газовые гидраты. 1
• Сложная дорифтовая история и структура. 3 Байкальская рифтовая зона имеет высокую раздробленность позднеархейского фундамента, сложность плана байкалид и другие особенности. 3

В 1996 году озеро Байкал было отнесено к объектам всемирного природного наследия именно из-за уникальности рифтовой системы, которая дала ему начало, и продолжающихся серьёзных геологических процессов. 3