Ограниченность классификации на биотические, абиотические и антропогенные факторы заключается в том, что она не учитывает другие важные аспекты воздействия на экосистему:

• Биотические факторы — это не только взаимодействие живых организмов друг с другом, но и их взаимовлияние на среду обитания. 45 Например, растения выделяют кислород, необходимый для дыхания животных, а животные обеспечивают поступление в атмосферу углекислого газа, который используется растениями в процессе фотосинтеза. 4
• Абиотические факторы — это не только условия неживой природы (климат, рельеф, состав почвы, воды и воздуха), но и влияние этих факторов на экосистему (изменение климата, состава воздуха или воды, количества радиации). 12
• Антропогенные факторы — это не только влияние человека на окружающую среду в процессе хозяйственной и другой деятельности, но и косвенные последствия этого воздействия (изменение ландшафтов, климата, физического состояния и химизма атмосферы и водоёмов). 25