Возможно, имелись в виду термины из разных контекстов.

Skylight — это термин, который может означать световое отверстие в крыше дома или здания. 2

Trapdoor — термин из игры, который относится к прозрачному блоку и, в частности, к дверям, через которые свет проходит, но в меньшем количестве (обычно на один уровень света за блок). 1

Таким образом, разница между skylight и trapdoor заключается в их значении и области применения: skylight — в общем случае, а trapdoor — в контексте игры.