Разница между скрытыми и защищёнными файлами в Windows заключается в их назначении и уровне защиты.

Скрытые файлы — это файлы и папки, которые предназначены для скрытия от обычных пользователей. 1 Обычно они содержат системные данные или важные конфигурационные файлы, доступ к которым может повредить работу операционной системы, если они будут случайно изменены или удалены. 1

Защищённые файлы — это файлы и папки, которые являются частью операционной системы и не должны изменяться или удаляться без специальных разрешений. 1 Эти файлы важны для работы системы, поэтому их удаление или изменение может повредить работу компьютера. 2

Таким образом, скрытые файлы — это более общий термин, который включает файлы, скрытые пользователем, а защищённые файлы — это особый вид скрытых файлов, которые особенно важны для работы системы и требуют дополнительной защиты.