В чем разница между скидками на пригородные и междугородние поезда?

Возможно, имелись в виду различия в условиях предоставления скидок на билеты для разных видов поездов.

Для пригородных поездов льготы могут быть федеральными, региональными и установленными перевозчиком. www.vbr.ru Например, в Москве и Московской области пенсионеры — обладатели социальной карты москвича — ездят на электричках бесплатно. journal.sovcombank.ru Школьники в большинстве регионов страны экономят на проезде в электричках половину стоимости, но только во время учебного года. journal.sovcombank.ru

Для поездов междугороднего и дальнего следования действуют, например, такие льготы:

• Герои Советского Союза и Герои РФ могут бесплатно ездить в вагонах всех категорий два раза в год по личным надобностям и один раз в год к месту лечения и обратно. ria.ru
• Участники Великой Отечественной войны, инвалиды войны, ветераны боевых действий, некоторые военнослужащие, лица, награждённые знаком «Жителю блокадного Ленинграда», члены семей погибших (умерших) инвалидов войны, инвалиды, дети-инвалиды, лица, сопровождающие в поездках инвалидов, а также пострадавшие от радиации граждане имеют право на бесплатный проезд до места лечения и обратно. ria.ru
• Дети до 5 лет имеют льготный проезд в поездах междугороднего или дальнего следования. ria.ru

Таким образом, для разных видов поездов предусмотрены различные льготы, которые могут отличаться по условиям и категориям получателей.