Разница между синэкологией и фитоценологией заключается в предметах изучения.
Синэкология (также известна как биоценология или общая экология) изучает комплексы видов в сообществах, то есть экосистемы. multiurok.ru Синэкология рассматривает процессы совместного приспособления ассоциаций различных видов растений, животных, микроорганизмов к среде их обитания. spravochnick.ru
Фитоценология (или геоботаника) занимается изучением растительных сообществ. pgsha.ru:8008 Это совокупность растений на относительно однородном участке земной поверхности, совместно продуцирующих органическое вещество. multiurok.ru
Таким образом, синэкология охватывает более широкий объект изучения, охватывая экосистемы в целом, в то время как фитоценология фокусируется на изучении отдельных растительных сообществ.
При этом синэкология и фитоценология тесно связаны: первоначально синэкология была синонимом фитоценологии, но сейчас рассматривается как часть последней, охватывающая экологическое изучение фитоценозов. spravochnick.ru