В чем разница между секретарской должностью третьего класса и должностью младшего специалиста?

Возможно, имелись в виду должности государственной гражданской службы. Тогда разница между ними заключается в уровне иерархии и присваиваемых классных чинах.

Должности младшей группы включают позиции, которым соответствует классный чин «секретарь государственной гражданской службы Российской Федерации» 1, 2 или 3-го класса. www.meteorf.gov.ru kchgu.ru Такие должности относятся к младшей группе государственных гражданских специалистов. ppt.ru

Должности категории «специалисты», в свою очередь, подразделяются на высшую, главную, ведущую и старшую группы. www.meteorf.gov.ru Для должностей старшей группы характерен классный чин «референт государственной гражданской службы Российской Федерации» 1, 2 или 3-го класса. www.meteorf.gov.ru kchgu.ru

Таким образом, разница заключается в уровне должности и присваиваемом классном чине: «секретарь» относится к младшей группе, а «референт» — к старшей.