Разница между протокооперацией и комменсализмом в экологических взаимодействиях заключается в характере отношений между организмами:

1. Протокооперация — взаимовыгодное, но не обязательное сосуществование организмов, пользу из которого извлекают все участники. 7 Примеры: взаимоотношения мелких рыбок семейства губановых и крупных хищных мурен, когда рыбы-чистильщики освобождают крупных рыб от наружных паразитов, или отношения цветковых растений и насекомых-опылителей. 1
2. Комменсализм — взаимоотношения, при которых один из партнёров получает пользу от сожительства, а другому присутствие первого безразлично. 7 При этом один из организмов (комменсал) возлагает на другого (хозяина) регуляцию своих взаимоотношений с внешней средой. 6 Примером могут служить взаимоотношения акулы и рыбы-прилипалы: рыба-прилипала прикрепляется к акуле и питается остатками пищи, а акула не получает ни вреда, ни пользы от такого взаимодействия. 6