Разница между опциями «Выплата отпуска под расчёт» и «Выдача отпускных» заключается в учёте аванса при расчёте суммы к выплате. 1
Вариант «Выплата отпуска под расчёт» используется, если вместе с отпуском выплачивается зарплата и уже был выплачен аванс, который нужно учесть. 1 В этом случае в ведомость вносится сумма, рассчитанная за вычетом аванса. 1
Вариант «Выдача отпускных» применяется, когда в ведомость полностью вносится сумма, рассчитанная в документе «Отпуск». 1 При этом в расчёт берутся все совокупные рабочие доходы — оклад, премии, надбавки, выплаты за особые условия труда. 3
Таким образом, вариант «Выплата отпуска под расчёт» учитывает аванс, а вариант «Выдача отпускных» — нет.