Разница между наземными и подземными пешеходными переходами заключается в их расположении:
  - Наземный пешеходный переход расположен прямо на проезжей части или железнодорожного полотна.                                                                          vk.com                                                                                               ru.wikipedia.org                       Обозначается разметкой «зебра».                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Подземный пешеходный переход — это дорожное сооружение общего пользования, состоящее из тоннеля под проезжей частью, железной дорогой или рекой.                                                                          ru.wikipedia.org                                                                                               ru.ruwiki.ru                       Такой переход считается безопасным, так как переход дороги осуществляется под проезжей частью.                                                                          vk.com                      
  
 Таким образом, наземный переход находится в одном уровне с дорогой, а подземный — в разных: надземный переход (в виде виадука, моста) обустраивают над проезжей частью автодорог или железнодорожным полотном, а подземный — под ней.                                                                          ru.wikipedia.org