В чем разница между накладными с маркированными и обычными товарами?

Возможно, имелись в виду различия между накладными, сопровождающими маркированные и обычные товары.

Для маркированных товаров с 1 января 2022 года используются только электронные накладные. astral.ru Вместо бумажной накладной применяется универсальный передаточный документ (УПД), в котором зафиксированы коды маркировки каждой товарной единицы, участвующей в приёмке или отгрузке. secrets.tbank.ru astral.ru

Для обычных товаров могут использоваться как бумажные, так и электронные накладные, в зависимости от особенностей сделки и категорий товара. astral.ru

Таким образом, основное отличие заключается в том, что для маркированных товаров обязателен электронный документооборот и использование специального документа с кодами маркировки, в то время как для обычных товаров возможны разные варианты оформления накладных.