Разница между муниципальным и межмуниципальным маршрутами общественного транспорта заключается в территории пролегания. base.garant.ru
Муниципальный маршрут — это маршрут регулярных перевозок в границах поселения, городского округа, субъекта Российской Федерации — города федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга или Севастополя либо двух и более поселений одного муниципального района. legalacts.ru {7-host}
Межмуниципальный маршрут — это маршрут регулярных перевозок в границах не менее двух муниципальных районов одного субъекта Российской Федерации, не менее двух городских округов одного субъекта Российской Федерации или не менее одного муниципального района и не менее одного городского округа одного субъекта Российской Федерации. legalacts.ru {7-host}
Таким образом, к муниципальным относятся маршруты в границах одного муниципального образования, а к межмуниципальным — маршруты в границах нескольких муниципальных районов или городских округов одного субъекта РФ. {7-host}