Разница между городским округом и муниципальным районом заключается в их структуре и характеристиках:

1. Городской округ — это один или несколько объединённых общей территорией населённых пунктов, соответствующих большому населённому пункту («классическому» городу), в ряде случаев включающий в себя также небольшие пригородные населённые пункты. 5 Не менее двух третей населения такого муниципального образования проживает в городах и (или) иных городских населённых пунктах. 16
2. Муниципальный район — это несколько городских, сельских поселений и, возможно, межселенных территорий, объединённых общей территорией. 710

Таким образом, главное отличие в том, что городской округ соответствует большому населённому пункту, а муниципальный район — это несколько небольших населённых пунктов, более или менее одинаковых по размеру — городских и сельских поселений, межселенных территорий. 5