Разница между федеральным и региональным реестром объектов НВОС заключается в категориях объектов, которые включены в каждый из реестров: 3

• Федеральный реестр содержит сведения об объектах НВОС I категории и II категории с комплексным экологическим разрешением (КЭР). 3
• Региональный реестр включает объекты II–IV категорий. 3

Ведение реестров также отличается:

• Федеральный реестр ведут территориальные органы Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по месту нахождения объектов, за исключением объектов, подведомственных Федеральной службе безопасности Российской Федерации. 14
• Региональный реестр ведут исполнительные органы субъектов Российской Федерации по месту нахождения объектов. 45

При этом сведения об объектах, подлежащих федеральному государственному экологическому контролю (надзору), которые включены в региональные реестры, подлежат включению в федеральный реестр. 14