Основная причина эвтрофикации водоёмов — избыток питательных веществ, в частности азота и фосфора. 24

Некоторые источники поступления этих элементов в водоёмы:

• Смывание с полей удобрений. 2 Минеральные вещества попадают в водоёмы из-за обильных дождей или разлива рек. 3
• Промышленные и коммунальные стоки. 2 Органические вещества могут попасть в водоём, например, через стоки предприятий сельского хозяйства, бытовые стоки. 1
• Атмосферные осадки. 2 Биогенные элементы также проникают в водоёмы с осадками. 2
• Эрозия почв, их распашка, сведение лесов. 2

Иногда эвтрофикация возникает естественным образом, например, при близости больших колоний птиц или при выпадении вулканического пепла. 5

Различают естественную и антропогенную эвтрофикацию. 2 Естественная длится тысячелетиями, антропогенная наступает гораздо быстрее, особенно в водоёмах с замедленным стоком — озёрах, водохранилищах, прудах и внутренних морях. 2