Отличие синэкологии от других разделов экологии заключается в объекте изучения:

• Синэкология исследует сообщества организмов в экосистемах (биоценозы) и их взаимоотношения между собой и со средой обитания. 24
• Аутэкология изучает взаимоотношения отдельного вида и среды. 5
• Демэкология сосредоточена на взаимоотношениях со средой популяций и экосистем, состоящих из множества организмов. 1

Таким образом, синэкология фокусируется на изучении взаимоотношений в сообществе, в то время как другие разделы экологии изучают взаимоотношения отдельного вида и среды или популяций и экосистем в целом. 15

В настоящее время синэкология считается одним из трёх главных разделов общей экологии (наряду с аутэкологией и демэкологией). 2